Zbyněk Müller se začal v šesti letech učit hře na klavír, poté vystudoval pražskou konzervatoř a Akademii múzických umění v Praze v oborech hoboj (F.X.Thuri, J.Mihule) a dirigování (M.Klemens, J.Bělohlávek). Během studií se prosadil v mnoha interpretačních soutěžích, z nichž jmenujme alespoň Concertino Praga (1989, 1.cena), či mezinárodní soutěž Pražského jara (1996 – 2. cena a 4 další ocenění). V roce 1996 mu byla udělena Cena Josefa Hlávky, o rok později obdržel od Společnosti Bohuslava Martinů cenu na festivalu „Mladé pódium“.
Dva roky byl prvním hobojistou opery Národního divadla v Praze a v letech 1995-2005 zastával místo sólohobojisty v Pražské komorní filharmonii, kde také začínal jako dirigent. Nyní spolupracuje s většinou českých symfonických těles, v roce 2004 úspěšně debutoval s orchestrem FOK, v roce 2010 pak s Českou filharmonií. V letech 2004/5 byl šéfdirigentem Kladenského symfonického orchestru, dále hostoval v Maďarsku, Japonsku, Itálii a Polsku.
V letech 2001-2002 působil jako asistent šéfdirigenta V. Ashkenazyho v České filharmonii, kde poznal práci též mnoha jiných významných dirigentů, jako jsou např. L. Segerstam, Z. Mácal, M. Honeck aj.
Zbyněk Müller je již jedenáctou sezónu šéfdirigentem Státní filharmonie Košice a intenzívně se věnuje též opeře, zjm. jako dirigent opery Národního divadla v Praze.